Het kleine gotische orgel (1511) in de kooromgang is gebouwd door Jan van Covelens en is het oudste nog bespeelbare orgel in ons land.

Het grote orgel (1638-1646) is gebouwd door de familie Hagerbeer. De orgelkast van het Hagerbeer-orgel is ontworpen door de beroemde architect Jacob van Campen.

Het instrument werd gemoderniseerd door Frans Caspar Schnitger, telg uit een beroemd Noord-Duits geslacht van orgelbouwers (1723-1725). Hieraan dankt het instrument zijn schitterende klank.